Mayonaka no Occult Koumuin adalah modern fantasi yang kisahnya berputar di sekeliling Arata Miyako, seorang pegawai pemerintahan yang bertugas di kantor kawasan Shinjuku, departemen ‘Hubungan Regional Malam’.. 23 titik kawasan Tokyo memiliki departemen tersebut, yang tugasnya menyelesaikan masalah paranormal dan kejadian ganjil.

Arata bisa memahami bahasa makhluk lain yang tidak orang lain pahami, dan itu membuatnya berinteraksi dengan youkai (makhluk spiritual) di Taman Gyoen Shinjuku bernama Abe no Simei – nama dari okultis dan peramal bersejarah Jepang.