Sebuah adaptasi anime TV episode 1-3 dari 5 total episode dari game Phantasy Star Online 2. Beberapa konten anime-asli juga akan dibuat.

Episode 1: Selama ujian kualifikasi mereka di planet Naberius, pemain dan sesama peserta pelatihan ARKS Afin diserang oleh organisme jahat yang dikenal sebagai Darkers. Ini diikuti oleh keduanya menemukan seorang gadis misterius yang kehilangan sebagian besar ingatannya, dan kebenaran tentang Naberius dan lonjakan kegiatan Darker baru-baru ini.

Episode 2: Plot mengikuti pemain dan Matoi ketika mereka mencoba mengungkap konspirasi gelap mengenai asal dan tujuan ARKS.

Episode 3: Penemuan planet Harukotan membawa pencarian baru ke dalam pergolakan, karena kedamaian antara Shironian dan Kuron yang tinggal di planet ini terganggu oleh serangan tiba-tiba orang Kuron. ARKS yang baru direformasi ditugaskan untuk menyelidiki alasan di balik itu semua, dan sepertinya kebenarannya lebih rumit dan mengerikan daripada yang diperkirakan …